Professor i teoretisk fysik ved Aarhus Universitet fra 1956. Medlem af Videnskabernes Selskab 1962, Selskabets præsident 1981-88. Medlem af Akademiet for de tekniske Videnskaber 1962, af Hollandsche Maatschappij der Wetenschappen 1984. Tildelt Rigmor og Carl Holst-Knudsens videnskabspris 1965; H.C. Ørsted-medaljen 1974; Filtenborgs æreslegat 1978; Dansk Fysisk Selskabs Fysikpris 1988. Æresdoktor ved Fudan University, Shanghai, Kina samt Odense Universitet.

I anledning af Jens Lindhards 60-års fødselsdag i 1982 afholdtes der på Fysisk Institut, Aarhus Universitet, i dagene 25.-26. februar Symposium on Selected Topics in Physics (se billeder fra symposiet eller fra det efterfølgende party). Program samt indlæg ved symposiet kan ses i et særnummer af tidsskriftet Physica Scripta, Vol. 28, 1983.

Jens Lindhard holdt afskedsforelæsning i forbindelse med sin 70-års fødselsdag den 26. februar 1992. Forelæsningen er blevet optaget på bånd. Fotografiet nedenfor er af den tavle, som Jens Lindhard efterlod sig i 1997.

Nekrolog i Årsskriftet for Videnskabernes Selskab, 1997.